Przyszedł na świat 14. września 1896 r. w Wojsławicach na Chełmszczyźnie jako syn miejscowego organisty Mikołaja i Władysławy z Czekalskich. Po ukończeniu gimnazjum w Zamościu wstąpił do seminarium lubelskiego i został kapłanem, podobnie jak Władysław Goral, w pamiętnym roku 1920. Zachowała się zwięzła opinia rektora seminarium, który przedstawiał go do święceń: “stan zdrowia - słabowity; zdolności dobre - bardzo pilny; kaznodzieja dobry; charakter cichy”. Tuż po święceniach pracował krótko w Krasnobrodzie i Zamościu, jesienią tego samego roku podjął studia na Wydziale Teologii KUL zakończone absolutorium w roku 1924, jednak od samego początku bardziej niż praca naukowa pociągała go praca z ludźmi. Pisał wówczas do biskupa: “po seminaryjnych studiach, ściśle teoretycznych (...), dobrą będzie rzeczą, jeśli przypatrzę się, poznam trochę życie i jego potrzeby...”
W czerwcu 1925 r. został mianowany wikariuszem parafii p.w. Nawrócenia św. Pawła w Lublinie i pracował w niej przez siedem lat. Zakres akcji duszpasterskiej, charytatywnej i socjalnej, przez niego rozwiniętej był prawdziwie imponujący. Założył przy parafii Stowarzyszenie Rycerzy Serca Jezusowego, zarejestrowane jako osoba prawna a mające na celu chrześcijańskie wychowanie ubogiej, robotniczej młodzieży oraz jej ochronę przed zagrażającą w warunkach kryzysu ekonomicznego nędzą materialną i moralną. Z jego inicjatywy powstało także Towarzystwo Miłosierdzia Chrześcijańskiego, prowadzące dom opieki na Kalinowszczyźnie, kuchnię dla ubogich przy Krakowskim Przedmieściu 5 oraz świadczące doraźną pomoc materialną. Dla dziewcząt ze wsi szukających w Lublinie pracy i mieszkania, powstało stowarzyszenie zawodowe, schronisko i biuro pośrednictwa pracy. Inną szansą dla bezrobotnych były organizowane przezeń kursy szoferskie. Przy parafii powstało chrześcijańskie kino “Uciecha”, ks. Mysakowski wydawał też gazetę “Echo Parafjalne”. Był współzałożycielem Związku Kapłanów Dobrego Pasterza i z ramienia tej organizacji wybudował w Zemborzycach, na terenach darowanych przez włościan, dom wczasowo-rekolekcyjny mający służyć ubogiej, miejskiej młodzieży. W aktach personalnych znajdujemy list dziękczynny kierownika ośrodka dla “dzieci ulicy” przy ul. Zamojskiej 12 z prośbą o dalszą współpracę. Na skalę masową ks. Mysakowski organizował tanie pielgrzymki do Częstochowy i innych miejsc świętych. Owoce tych działań nietrudno było zauważyć. Frekwencja na spotkaniach formacyjnych często przekraczała możliwości lokalowe. Z kapłańską posługą docierał do miejsc najtrudniej dostępnych, na poddasza nędznych kamienic i do starej cegielni na Helenowie, gdzie gromadziła się zostawiona własnemu losowi młodzież. Nawrócił znanego kryminalistę, przed którym drżała cała dzielnica. Księgi archiwum parafialnego u św. Pawła mogą wiele powiedzieć o tych, których doprowadził do przyjęcia chrztu bądź wyznania wiary katolickiej. Praca ta pochłaniała go całkowicie. Kiedy biskup mianował go proboszczem w Łabuniach, ten po namyśle poprosił o możliwość pozostania w Lublinie. 1. maja 1932 roku został wikariuszem parafii katedralnej, prowadząc dalej swą działalność.
Za te wszystkie dzieła, przekraczające wielokrotnie zwykłe możliwości jednego człowieka, ks. Mysakowski płacił konsekwentnie ogromną cenę zdrowia, upokorzeń i najrozmaitszych trudności. Ciężki kryzys lat 20. podciął finansowe podstawy wielu inicjatyw. Gdy pojawiały się długi, a znikali rozczarowani współpracownicy, spłacał je z własnej, pustej zresztą kieszeni. Był osobiście hojny wobec potrzebujących, oddając im praktycznie wszystko, czym dysponował. Jego siostra wspomina, że dość szybko podarował komuś z ubogich sprawiony mu przez rodzinę kożuch. Nie brakowało mu odwagi i gdy był przekonany o słuszności sprawy, nie wahał się nadstawić głowy. Gdy w teatrze lubelskim pojawiła się “satyryczna” sztuka żydowskiego literata, wyśmiewająca chrześcijańskie i narodowe wartości, ks. Mysakowski urządził akcję protestacyjną i wydał odpowiednią ulotkę. Został pozwany do sądu za “szerzenie nienawiści”.
Ludzie długo wspominali go jako kapłana obdarzonego mocą słowa i wyjątkowego spowiednika, Jeden z przyjaciół pisze o nim: “kaznodzieja z Bożej łaski, utalentowany, mówił jasno, wyraźnie, z serca”. Świadkowie mówią o niezwykłych owocach głoszonych przezeń rekolekcji i misji. “Jako kapłan - czytamy o nim – był bez skazy!”. Nie widać było żadnego rozdźwięku między szerokim zaangażowaniem społecznym a życiem wewnętrznym.
We wrześniu 1939 r., po pierwszych bombardowaniach, ks. Mysakowski zorganizował kuchnię polową dla tłumów uchodźców przeciągających przez Lublin oraz zajął się ratowaniem rannych i bezdomnych. Zastawiwszy deską wejście do własnego rozbitego mieszkania, całymi dniami krążył po ruinach, służąc sakramentami, słowem otuchy i konkretnym wsparciem. Wieczorem 17. września, pośród padających bomb i pocisków, przeniósł Najświętszy Sakrament z płonącej katedry do kościoła kapucynów. Podjęta przez niego natychmiastowa akcja ratownicza przyczyniła się do ocalenia pozbawionej dachu świątyni od zupełnej ruiny, o czym później pisano z uznaniem nawet w okupacyjnym “Nowym Głosie Lubelskim”. Ten nadludzki wysiłek przypłacił jeszcze raz własnym zdrowiem. Po kilku tygodniach szalonej pracy znalazł się w łóżku chory, zwłaszcza nogi odmówiły mu posłuszeństwa.
Dnia 17. listopada, kiedy aresztowano obu biskupów i 10 innych kapłanów, niemiecka policja bezpieczeństwa poszukiwała także ks. Mysakowskiego. Zagrożono, że jeśli go nie znajdą, aresztują jego sędziwego ojca. Dwa dni później, mimo przestróg ze strony bliskich, a nawet polskiego strażnika przed bramą więzienia, stawił się na Zamku. Tak, jak pozostali, został w wyniku farsowego procesu skazany przez sąd doraźny na śmierć i 4 grudnia 1939 r. znalazł się w obozie koncentracyjnym Sachsenhausen pod Berlinem. Rok później, razem z innymi duchownymi trafił do Dachau, gdzie otrzymał numer obozowy 22591. Niewolnicza, ciężka praca na plantacjach bez względu na pogodę, głodowe wyżywienie, które i tak często oddawał współtowarzyszom, oraz tortury, zniszczyły całkowicie jego wątłe zdrowie. Co najmniej dwukrotnie skazywano go z byle powodu na straszną karę “słupka” polegającą na powieszeniu za wykręcone do tyłu ręce, na czas jednej godziny. Jesienią 1942 r. podczas selekcji zdrowotnej, został uznany za niezdolnego do pracy i wywieziony wraz z transportem “inwalidów”. Według współwięźniów zamordowano go w komorze gazowej w miejscowości Hartheim koło Linzu. W akcie zgonu wystawionym przez kancelarię obozu podano, zgodnie ze stałą praktyką, przyczynę fikcyjną: niewydolność serca i układu krążenia przy równoczesnym katarze jelit. Nie ma natomiast powodu, by kwestionować podaną w dokumencie datę męczeństwa: 30 października 1942 r. Ciało spopielono w krematorium. Symbolicznym miejscem upamiętniającym jego śmierć jest inskrypcja na płycie grobowca rodzinnego w Lublinie przy ul. Lipowej, gdzie spoczywają obecnie jego ojciec i siostra.
Beatyfikowany pośród 108 Męczenników II wojny światowej, 13. czerwca 1999 roku, w Warszawie, przez Ojca Świętego Jana Pawła II.
Kolega i współwięzień, ks. St. Krynicki w ten sposób podsumowuje jego życie:
“był to mąż modlitwy, pracy, walki i cierpienia, nie zawsze dobrze rozumiany i doceniany, (...) ale Najwyższy, znawca głębi dusz, rozumiejący “szaleństwa Boże” ludzi; pojął go dogłębnie i przygarnął do swego Serca”
. Wypada jeszcze przytoczyć słowa Janiny Nartowskiej, sekretarki Stowarzyszenia Rycerzy Serca Jezusowego:
“całe jego życie kapłańskie było święte i to pozwala mi sądzić, iż takim wytrwał do końca. Modliłam się także do niego o zachowanie wiary w mojej rodzinie i myślę, że zostałam wysłuchana.”